Nicole Munnier en UC Davis.
Luego de dos años de cursar el Magíster de Ciencias Forestales de la Universidad de Concepción, la ingeniera en biotecnología vegetal, Nicole Munnier, realizó una pasantía a comienzos de este semestre en la Universidad de California en Davis, EEUU, en el laboratorio del Dr. David Neale, para especializarse y terminar su tesis de postgrado en torno a la reconstrucción de la secuencia de ADN de la especie Eucalyptus globulus.
El objetivo de su pasantía consistió en realizar un ensamble de novo de la especie Eucalyptus globulus. Este ensamble intenta reconstruir una secuencia de ADN a partir de múltiples fragmentos, sin necesariamente tener conocimiento previo acerca del genoma a ensamblar, hasta llegar a completarlo o cubrir la mayor parte de él. “A pesar de que es un área netamente de bioinformática, tuve que ir a EEUU, pues actualmente en el Laboratorio de Genómica y Biología Molecular del Centro de Biotecnología UdeC, la capacidad bioinformática existente, aunque está en proceso de mejora, aún es limitada – tanto en capacidad y RAM- para realizar este tipo de ensamble”, señaló Nicole Munnier.
De esta forma, Nicole obtuvo una referencia para la identificación de marcadores moleculares SNPs, objetivo principal de su tesis de magíster. Los marcadores son fragmentos de ADN que sirven para analizar individuos y realizar un estudio de los mismos mediante los datos que proporciona.
Su investigación, se encuentra en el marco del proyecto Fondef “Eucachip: herramienta de selección genómica para la industria de biocombustibles de segunda generación”, en el que participan la UdeC, Genómica Forestal, Forestal Arauco y Forestal Mininco. El objetivo es correlacionar SNPs de una población de Eucalyptus globulus con propiedades relevantes para la producción de biocombustibles y la posterior creación de un chip. Los SNPs -Single Nucleotide Polymorphisms- son variaciones de secuencia que involucran la sustitución de un solo nucleótido cuando se comparan dos alelos ya secuenciados de cromosomas homólogos.
Marcadores moleculares SNPs.
Para la identificación de los SNPs, es necesario extraer ADN de cada uno de los genotipos en estudio y secuenciarlos, de esta manera se obtienen las secuencias nucleotídicas y la información genética de cada muestra. Gracias a la metodología de la secuenciación utilizada -Genotyping by Sequencing-, se obtienen cientos de fragmentos -reads o lecturas- de cada muestra, lo que permite tener una información más robusta de cada muestra, es por esto que son denominadas “librerías genómicas”. Una vez obtenida la información de la secuenciación, cada librería -con cientos de reads- es mapeada contra un genoma de referencia, de esta forma, se pueden identificar los polimorfismos o aquellas bases que difieren entre cada individuo –SNPs- con la referencia.
Por otro lado, Nicole destaca la oportunidad de realizar esta pasantía en el extranjero, pues abre puertas a nivel laboral, “primero conoces otro laboratorio, otra forma de trabajar debido a las diferentes culturas, generas contacto para el futuro, tanto para trabajo como para estudios, conoces otros proyectos y abres tu mente. En el área personal, desenvolverte en otro país, con personas de otras culturas, siempre te ayudará a crecer y madurar”, señaló.
Por último, cabe destacar que estos mecanismos de estadías internacionales de los alumnos de postgrado en Ciencias Forestales UdeC, es parte de la formación profesional y científica que entrega la Facultad de Ciencias Forestales en conjunto con el Centro de Biotecnología de la Universidad de Concepción